6to4隧道和6in4隧道都是用于ipv4到ipv6过渡时期的策略，可以使得主机或站点在其ISP（宽带运营商）并未提供IPV6服务时仍然获得访问IPV6网络的能力。但如果主机本身本不支持ipv6协议，那么隧道机制也不能使其访问ipv6。
二者的共同点是它们都通过封装的形式使用IPV4报文头对IPV6报文进行封装，并且都有封装和解封装的过程。且二者都需要一个公网IPV4地址。
不同点是：
1.IANA分配给6to4隧道的TLA部分是0x0010，和前三位001（可汇聚全球单播地址）拼接起来是2002，而分配给6in4的是0x0001，拼接后是2001。所以当看到2002：开头的IPV6地址就是6to4隧道的地址，而2001：开头的则是6in4的地址。
2.6to4地址是由公网IPV4的地址构造而来，构造方式很简单，地址的前48位中前16位是2002，后32位则直接嵌入其公网IPV4地址。而6in4则并不是这样。
3.由于6to4网络号部分（前48）和公网IPV4地址可以一一对应起来，所以6to4隧道并不需要配置隧道的另一端口的相关信息，只需要配置源端口信息（包括公网IPV4地址，GATEWAY等）即可。而6in4隧道则需要配置隧道的另一端口的IPV4地址。
4.6to4隧道的GATEWAY表示默认网关，通常指向6to4中继（介于ipv4网络与native ipv6网络之间）。而6to4中继有很多，而通常是使用任播地址（anycast）配置GATEWAY，任播地址指向任意中继 ::192.88.99.1。
5.6in4的对端看上去是静态的，但实际上通过heartbeat协议可以实现动态对端。而6to4设置的时候不需要考虑对端，实际上6to4运行的时候走哪个对端都是由目的IP地址决定的。